La détection de la mutation PIK3CA

Interview du Pr Guillaume Canaud

→ Qu’est-ce qu’un panel de gènes?

Un panel de gènes est un test permettant d’analyser plusieurs gènes à la fois afin d’identifier une mutation qui explique la maladie. Lors d’une telle analyse, nous nous concentrons sur un sous-ensemble de gènes connus pour être associés à des syndromes de prolifération. Le fait d’avoir un test négatif n’exclut pas une mutation. Cela peut être dû à la sensibilité du test qui n’est pas suffisante, au fait que la biopsie effectuée a été réalisée dans une zone moins ou non affectée par la maladie, ou bien la maladie peut être liée à un gène encore inconnu. 

 En cas de test négatif, nous effectuons une deuxième ou une troisième biopsie. Si aucune explication génétique n’est trouvée lors de tests ultérieurs, alors un séquençage complet de l’exome est effectué (c’est-à-dire que nous explorons tous les gènes, et pas seulement ceux du panel).

→ Quels centres médicaux peuvent exécuter ce test?

Chaque centre médical a son propre panel. La plupart d’entre eux sont dédiés à l’oncologie car les gènes impliqués dans les syndromes d’hypercroissance sont similaires (PIK3CA, AKT, mTOR, RAS….). Cependant, ce type de panel ne permet généralement pas d’explorer des variants peu fréquents. Des panels dédiés aux syndromes d’hypercroissance sont ainsi plus que nécessaires.

→ Existe-t-il un panel de gènes universel pour tous les patients atteints de syndromes d’hypercroissance?

Non, il n’en existe pas ! Tel est notre objectif. Nous voulons proposer un panel à tous les centres médicaux prenant en charge les patients atteints de syndromes d’hypercroissance afin de couvrir plus de 90% des gènes impliqués.

→ Quel type d’échantillons est nécessaire pour exécuter ce test?

Vous devez obtenir la biopsie d’une zone atteinte. Ceci est obligatoire, sinon vous passerez à côté de la mutation. Comme indiqué ci-dessus, un test négatif n’exclut pas la présence d’une mutation. Parfois, une deuxième, ou une troisième biopsie est nécessaire.

→ La mutation PIK3CA peut-elle toujours être détectée à l’aide d’un panel de gènes?

Cela dépend de la conception du panel. La plupart du temps, oui. 

→ Quelles autres mutations peut-il détecter?

Nous utilisons actuellement deux panels différents. Le premier est utilisé quotidiennement, dans le but de détecter des mutations chez des patients présentant une hypercroissance excessive et / ou des anomalies vasculaires. Dans ce panel, nous testons les gènes suivants: AKT1 AKT2 AKT3 BRAF GNAQ KRAS MAP2K1 MTOR NRAS PIK3CA PIK3R1 PIK3R2 RASA1 TEK TSC1 TSC2 GNA11, GNA14, HRAS, MAP3K3, KRIT1, EPHB4, PTEN. Le deuxième panel est employé dans le cadre de la recherche, et vise à explorer plus de 50 gènes impliqués dans la voie PIK3 / AKT / mTOR. 

À la fin du projet, nous serons en mesure de fournir un test optimisé pour les patients atteints d’hypercroissance en fusionnant les données obtenues à partir de ces 2 panels.

→ Que se passe-t-il si un patient est négatif au panel? Qu’avez-vous déjà découvert?

Nous avons trouvé de nouvelles mutations mais elles sont actuellement en cours d’étude afin depour valider leur potentiel pathogène. Nous avons également constaté que peu de patients sont porteurs de mutations supplémentaires.